Głównymi celami Dnia Tolerancji są: uwrażliwienie społeczeństwa na wszelkiego rodzaju przejawy nietolerancji i dyskryminacji, przypomnienie, że każdy człowiek zasługuje na szacunek i akceptację, bez względu na pochodzenie, kulturę, religię, kształtowanie postawy tolerancji szczególnie wśród dzieci i młodzieży szkolnej, zmobilizowanie opinii publicznej w temacie tolerancji i informowania o niebezpieczeństwach związanych z objawami nietolerancji, wypracowanie praktycznych wskazówek dla rządów, naukowców i instytucji publicznych, w celu umożliwienia im znalezienia rozwiązań.
